Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles.

Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Oct 25;102(43):15545-50. Epub 2005 Sep 30.

Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles.

Subramanian A¹, Tamayo P, Mootha VK, Mukherjee S, Ebert BL, Gillette MA, Paulovich A, Pomeroy SL, Golub TR, Lander ES, Mesirov JP.

 

ゲノムワイドなRNA発現解析は、生物医学研究においてもはや日常的なツールとなっているが、その中から生物学的考察を引き出すのは未だ困難な課題である。今回、我々は、Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)と呼ばれる遺伝子発現データ解釈のパワフルな解析手法を提示する。この方法は、胸痛生物学的能、染色体位置や制限を共有する遺伝子セットに焦点を当てることでそのパワーを発揮する。我々は、どのようにGSEAが、癌関連データセットに知見を生み出すかについて提示する。注目すべきは、単一遺伝子解析では肺がん患者の生存率に関する2つの独立した研究の間にほとんど類似点を見出さなかった場合、GSEAが多くの生物学的経路を明らかにすることができる。