Single-Cell RNA-Seq Reveals AML Hierarchies Relevant to Disease Progression and Immunity.

Cell. 2019 Mar 7;176(6):1265-1281.e24. doi: 10.1016/j.cell.2019.01.031. Epub 2019 Feb 28.

Single-Cell RNA-Seq Reveals AML Hierarchies Relevant to Disease Progression and Immunity.

van Galen P¹, Hovestadt V¹, Wadsworth Ii MH², Hughes TK², Griffin GK³, Battaglia S¹, Verga JA¹, Stephansky J⁴, Pastika TJ⁴, Lombardi Story J⁵, Pinkus GS⁶, Pozdnyakova O⁶, Galinsky I⁷, Stone RM⁷, Graubert TA⁵, Shalek AK², Aster JC⁸, Lane AA⁹, Bernstein BE¹⁰.

 

急性骨髄性白血病(AML)は、複雑な微小環境の中に生じる不均一な疾患であり、その病状進行にどのような細胞型が関与しているかを解明する努力が続けられてきた。私たちは、16人のAML患者と5人の健康なドナーから40の骨髄穿刺検体を得、またそこから38,410個の細胞を、ジェノタイピングとシングルセルRNAシークエンスを組み合わせて、プロファイルした。その後、我々は、機械学習による分類を用い、患者間あるいは同じ腫瘍内のサブクローン間でその量が異なる悪性細胞型スペクトラムを区別することを試みた。細胞型組成は、豊富なFLT3-ITDと前駆細胞用細胞の関連を含む、原型遺伝的病変と関連していた。原始的AML細胞は、幹細胞生徒骨髄プライミング遺伝子の共発現を伴う調節不全転写プログラムを示し、また予後的な重要性を有していた。分化した単球様AMLは、多様な免疫調節遺伝子を発現し、In vitroでT細胞の活性を抑制した。結論としては、精密医療や免疫療法に役立つ単細胞技術、AML細胞状態のアトラス、レギュレーター、マーカーをここに示す。